En principe, lorsque le salarié a un projet de création et qu'il remplit les conditions d'ancienneté requises, l'employeur ne peut pas refuser la demande de congé. Toutefois, il lui est possible de le retarder ou le refuser dans certains cas particuliers :

- Dans l'entreprise de 200 salariés et plus, l'employeur peut seulement différer le départ en congé lorsque le pourcentage de salariés simultanément absents au titre du congé création d'entreprise et du congé sabbatique, dépasse 2% de l'effectif de l'entreprise jusqu'à la date où le pourcentage est de nouveau inférieur.

- Dans les entreprises de moins de 200 salariés :
- Le départ en congé peut être différé de telle sorte que le nombre de jours d'absence prévu au titre des congés ne dépasse pas 2% du nombre total des jours de travail effectués dans les 12 mois précédents le départ en congé.
- Le congé peut être refusé si l'employeur estime, après avis du comité d'entreprise, ou, à défaut, des délégués du personnel, que ce congé aura des conséquences préjudiciables à la production et à la marche de l'entreprise. L'employeur doit alors préciser le motif de son refus et le notifier au salarié.